(Laboratoriet er i løpet av en periode på 1990-tallet for øvrig en del av Statens veterinære laboratorietjeneste (SVL) som omfattet landets veterinære diagnoseinstitusjoner.)

I 1997 endret man tilhørigheten til LD og gikk over til å bli såkalte forvaltningsorgan med særskilte fullmakter.

Instituttet blir fra 1.1.1997 organisert som forvaltningsorgan med særskilte fullmakter og finansieringsstrukturen blir lagt om (jfr. St.prp.nr.63 1995-96 og St.prp.nr.1 1996-97 (Landbruksdepartementet) s. 14-15.

I forbindelse med omorganisering av høgare utdanning og sektorforskning på landbruksområdet (jfr. St.prp.nr 63 1995-96) blir høgskolene under Landbruksdepartementet; Norges Landbrukshøgsole og Norges Veterinærhøgskole, overført til Kirke- utdannings- og forskningsdepartementet. Videre blir de statlige forskningsinstitusjonene under Landbruksdepartementet;
- Norsk institutt for landbruksøkonomisk forskning,
- Norsk institutt for skogforskning,
- Norsk institutt for planteforskning og
- Statens veterinære laboratorier
organiserte som forvaltningsorgan med særskilte fullmakter med ny finansieringsstruktur.

St.prp.nr 63 1995-96 Om omorganisering av høgre utdanning og sektorforskning på landbruksområdet.
https://www.stortinget.no/no/Saker-og-publikasjoner/Stortingsforhandlinger/Lesevisning/?p=1995-96&paid=2&wid=c&psid=DIVL1066&pgid=c_0569&s=True