Regjeringen Stoltenberg vedtok våren 2000 at NHD skulle styrke sin samordningsfunksjon for regjeringens IT-politikk, gis ansvar for en sterkere integrering av nærings- og handelspolitikken og tilføyes ytterligere oppgaver på forskningssiden. Stortinget ble orientert om overføringen av oppgaver fra andre departementer til NHD i St.prp.nr.61 1999-2000 Omprioriteringer og tilleggsbevilgninger på statsbudsjettet 2000. Endringene ble stadfestet ved kgl.res. 30.6.2000 og gjaldt fra 1.7.2000. På bakgrunn av tilførte nye oppgaver og en ny intern strategi ble departementet omorganisert med virkning fra 10.7.2000. Omorganiseringen innebar en stor omlegging av de fire avdelingene i gammel organisasjon til fen nye avdelinger.