Museet har sitt utspring i Det kongelige norske videnskapers selskap. Dette selskapet ble stiftet i 1760 av biskop Johan Ernst Gunnerus, rektor Gerhard Schøning samt kammerjunker og etatsråd Peter Fredrik Suhn og ble kongelig stadfestet 17. juli 1767. Ved beslutninger i årene 1923-25 (og lover approbert ved kgl.res. 26. mars 1926) ble selskapet omorganisert og delt i 2 avdelinger:
- Et videnskapsselskap (Det kongelige norske videnskapers selskap)
- Et museum (Det kongelige norske videnskapers selskap, Museet).
Begge er selvstendige institusjoner med sine særskilte lover og sin særskilte økonomi.

Vitenskapsmuseet er Norges eldste vitenskapelige institusjon, med over 230 års tradisjon i de klassiske kultur- og naturhistoriske vitenskaper.
Det Trondhjemske Selskab ble stiftet i 1760. Navnet ble noen år senere (1767) endret til Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab (DKNVS). Selskabet hadde som ett av sine hovedmål å få etablert et universitet i Norge, og spilte en sentral rolle i spredningen av kunnskap om landets kultur og natur og om menneskenes mulighet for å utnytte disse ressursene.

I 1874 ble virksomheten utvidet til å omfatte drift av et offentlig bibliotek og et antikvarisk og naturhistorisk museum. Målet var fortsatt å utnytte kultur og natur til beste for nasjonen, å skape en nasjonal identitet gjennom studier av kultur og historie.

I 1926 ble DKNVS delt i to; Akademiet Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab og Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab, Museet. Museet hadde da tre fagavdelinger og biblioteket samlokalisert på Kalvskinnet. I 1951 ble Trondhjem biologiske stasjon innlemmet som en fjerde fagavdeling. (Stasjonen ble anlagt som egen offentlig institusjon i 1900.) I 1951 ble museet (inkludert biblioteket) omgjort til egen stiftelse som forvaltet selskapets bygninger, eiendeler og samlinger. DKNVS som museumsforening fortsatte som DKNVS Museets venneforening, mens det ble skapt en ny akademidel med begrenset antall medlemmer fordelt på to klasser, den humanistiske klasse og den naturvitenskapelige klasse.
Ringve botaniske hage, som ble opprettet i 1973, var underlagt Interrimsstyret ved Universitetet i Trondheim (UNIT) til den i 1982 ble overført til DKNVS, Museet. Svinviks arboret ble testamentert til DKNVS, Museet i 1971, og fra 1975 fikk institusjonen også ansvar for driften av Kongsvold biologiske stasjon på Dovre.

DKNVS, Museet ble ved St. prp. 126 1982-83 en av UNITs tre delenheter under navnet Vitenskapsmuseet (VM). Avtalen mellom DKNVS, Museet og Staten ved Kulturdepartementet fastsetter at Vitenskapsmuseet skal være en selvstendig delinstitusjon med de oppgaver og eiendeler museet hadde ved overdragelsen. Etter avtalen er Staten forpliktet til å sørge for vedlikehold av samlingene i samsvar med donators bestemmelser, og for at det vitenskapelige og museale arbeidet videreføres. I 1996 omdannet Stortinget UNIT til Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet (NTNU).


Se også: NOU 1995: 28 Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet (NTNU)
https://www.regjeringen.no/contentassets/d5f2ae445b294970a5fcfe77e5e0ecf4/no/pdfa/nou199519950028000dddpdfa.pdf

• Biologisk stasjon - Trondheim biologiske stasjon

• Universitetet i Trondheim

Øvrig informasjon:
Museet ble ved St. prp. 126 1982-83 en av UNITs tre delenheter under navnet Vitenskapsmuseet (VM).

Fra NOU 1995:28 - kap 4 står det følgende om opprettelsen av Universitetet i Trondheim: Universitetet i Trondheim ble opprettet ved Stortingsvedtak i 1968. Ved opprettelsen ble tre tidligere selvstendige institusjoner innlemmet i det nyopprettede universitetet: Norges lærerhøgskole, Norges tekniske høgskole og Det Kongelige norske videnskabers selskab, Museet.

Norges tekniske høgskole ble opprettet av Stortinget i 1910. Den bygget mye på Trondhjems tekniske læreanstalt fra 1870, som fra 1890 var utvidet til en 4-årig skole etter tysk mønster. Fra 1910 skulle skolen utdanne sivilingeniører og arkitekter.

Det var dermed tre institusjoner med nokså ulik bakgrunn, oppgaver og tradisjoner som ble samlet. Dette har antagelig bydd på både fordeler og ulemper. Det har vist seg vanskelig å finne fram til en samlende identitet for det nye universitetet. De tre institusjonene har stort sett fortsatt i de spor som var trukket opp ved sammenslåingen. Utviklingen har vært betydelig. Veksten har som ved de andre universitetene og høgskolene kommet i to bølger. Den første varte fra begynnelsen av 60-tallet til midten av 70-tallet, den andre kom for alvor fra slutten av 80-tallet og har vart fram til i dag.NB: Mest sannsynlig skjedde ikke denne overføringen formelt før i 1983-83, jf. St.prp.nr.126 1982-83