Regjeringen Stoltenberg vedtok våren 2000 at NHD skulle styrke sin samordningsfunksjon for regjeringens IT-politikk, gis ansvar for en sterkere integrering av nærings- og handelspolitikken og tilføyes ytterligere oppgaver på forskningssiden. Stortinget ble orientert om overføringen av oppgaver fra andre departementer til NHD i St.prp.nr.61 1999-2000 Omprioriteringer og tilleggsbevilgninger på statsbudsjettet 2000. Endringene ble stadfestet ved kgl.res. 30.6.2000 og gjaldt fra 1.7.2000. På bakgrunn av tilførte nye oppgaver og en ny intern strategi ble departementet omorganisert med virkning fra 10.7.2000. Omorganiseringen innebar en stor omlegging av de fire avdelingene i gammel organisasjon til fem nye avdelinger..

• Avdeling for næringsutvikling og internasjonalisering (NI)

Avdeling for forskning og innovasjonspolitikk i Nærings- og handelsdepartementet har ansvaret for områdene næringsrettet forskning og innovasjonspolitikk, herunder departementets arbeid med IKT for næringslivet. Avdelingen er inndelt i tre seksjoner. I tillegg er det etablert en stabsfunksjon i avdelingen som bl.a. skal ha ansvar for etatstyringen i avdelingen, samordning av avdelingens budsjettarbeid knyttet til etater og forskningsbevilgninger og for tverrgående oppgaver på IKT-området.
Kilde: NHDs nettsider på ODIN

Arbeidsoppgaver:
Avdelingen skal bidra til at forsknings- og innovasjonspolitikken legger til rette for økt verdiskaping. Det skal skje gjennom lønnsom anvendelse av forskningsresultater, økt innovasjonsaktivitet, mer bruk av design og økt bruk av industrielle rettigheter i norsk næringsliv. Avdelingen har ansvar for departementets bevilgninger til Norges Forskningsråd, Innovasjon Norge, SIVA, Norsk Designråd og Patentstyret. Ansvaret omfatter også norsk deltakelse i internasjonalt forsknings- og innovasjonssamarbeid bl.a. i EU og OECD. Avdelingen er organisert i fire seksjoner.

Ny organisering av Nærings- og handelsdepartementet, se kilde: (http://www.regjeringen.no/nb/dep/nhd/aktuelt/nyheter/2008/ny-organisering-av-narings--og-handelsde.html?id=528527#) Nyhet publisert 1.10.2008, NHD

• Nærings- og fiskeridepartementet

Fiskeri- og kystdepartementet og Nærings- og handelsdepartementet ble lagt ned fra 1. januar 2014. Det ble samtidig opprettet et nytt Nærings- og fiskeridepartement.

Det nye departementet vil bestå av Nærings- og handelsdepartementet og Fiskeri- og kystdepartementet, med følgende unntak:
- Kyst- og miljøavdelingen som overføres til Samferdselsdepartementet (SD)
- relevante deler av Avdeling for forskning, styring og administrasjon.

I tillegg får det nye departementet overført:
- Konkurransepolitisk avdeling fra Fornyings- og administrasjons- og kirkedepartementet (FAD)
- og ansvaret for selskapslovgivningen fra Justis- og beredskapsdepartementet (JD).