Regjeringen Stoltenberg vedtok våren 2000 at NHD skulle styrke sin samordningsfunksjon for regjeringens IT-politikk, gis ansvar for en sterkere integrering av nærings- og handelspolitikken og tilføyes ytterligere oppgaver på forskningssiden. Stortinget ble orientert om overføringen av oppgaver fra andre departementer til NHD i St.prp.nr.61 1999-2000 Omprioriteringer og tilleggsbevilgninger på statsbudsjettet 2000. Endringene ble stadfestet ved kgl.res. 30.6.2000 og gjaldt fra 1.7.2000. På bakgrunn av tilførte nye oppgaver og en ny intern strategi ble departementet omorganisert med virkning fra 10.7.2000. Omorganiseringen innebar en stor omlegging av de fire avdelingene i gammel organisasjon til fen nye avdelinger..

Arbeidsoppgaver:
Avdelingen har ansvar for den generelle næringspolitikken, makroøkonomi, skatter/avgifter, egen seksjon for reiseliv, generelt bransjeansvar (unntatt maritim sektor), indre marked med tillegg av standardisering, samsvarsvurderinger, tekniske kontrollorganer mv., næringslovgivning (regelverk) og arbeidet med forenkling. Avdelingen har også etatsstyringsansvar for Brønnøysundregistrene, Norges geologiske undersøkelse, Justervesenet, Norsk Akkreditering og Bergvesenet med Bergmesteren for Svalbard.
Ny organisering av Nærings- og handelsdepartementet, se kilde: (http://www.regjeringen.no/nb/dep/nhd/aktuelt/nyheter/2008/ny-organisering-av-narings--og-handelsde.html?id=528527#) Nyhet publisert 1.10.2008, NHD

• Nærings- og fiskeridepartementet

Fiskeri- og kystdepartementet og Nærings- og handelsdepartementet ble lagt ned fra 1. januar 2014. Det ble samtidig opprettet et nytt Nærings- og fiskeridepartement.

Det nye departementet vil bestå av Nærings- og handelsdepartementet og Fiskeri- og kystdepartementet, med følgende unntak:
- Kyst- og miljøavdelingen som overføres til Samferdselsdepartementet (SD)
- relevante deler av Avdeling for forskning, styring og administrasjon.

I tillegg får det nye departementet overført:
- Konkurransepolitisk avdeling fra Fornyings- og administrasjons- og kirkedepartementet (FAD)
- og ansvaret for selskapslovgivningen fra Justis- og beredskapsdepartementet (JD).