Statens skipsfartsdirektorat ble opprettet ved kgl.res. 22.9.1939. Direktoratet lå til å begynne med i Forsyningsdepartementet, menble i 1940 overført til Sjøfartsdepartementet. I 1944 fulgte direktoratet med dette departementet til Næringsdepartementet. Etter krigen ble Skipsfartsdirektoratet en ytre etat under Handels- og industridepartementet og deretter under Industridepartementet. Fra 1948 ble direktoratet nedbygd ved Skipsfartsdirektoratets avviklingskontor i Skipsfartsavdelingen i Industridepartementet. Kronprinsreg. res. 22.9.1955 bestemte at Skipsfartsavdelingen skulle overføres til Handelsdepartementet, og avviklingen av Skipsfartsdirektoratet ble derfor fullført i dette departementet.