Sekretariatet ble opprettet i oktober 1993, for å fungere som sekretariat for Norges periode som formannskap i Barentsregionen (1993-1995). Sekretariatet fortsatte driften som et prosjekt under Utenriksdepartementet,

Barentssekretariatets hovedkontor ligger i Kirkenes. I tillegg har sekretariatet kontor i Murmansk, Arkhangelsk og Naryan Mar.

Barentssekretariatets primæroppgave er å støtte norsk-russiske samarbeidsprosjekter i norsk og russisk del av Barentsregionen. Det er Utenriksdepartementet som hvert år bevilger rundt 35 millioner kroner til Barentssekretariatet. Noe av pengene går til drift av sekretariatet, mens de resterende midlene (rundt 30 millioner) brukes til prosjektfinansiering. Siden 1993 har Barentssekretariatet vært med og finansiert av over 3000 norsk-russiske samarbeidsprosjekter. Barentssekretariatet er også et kompetansesenter på norsk - russisk samarbeid og bistår både offentlige og private aktører med hjelp innenfor relaterte tema.

Kilde: Wikipedia og www.barents.no

I 1999 ble Barentssekretariatet overtatt av de tre nordligste fylkeskommenene Nordland, Troms og Finnmark og organisert som et interkommunalt selskap.