Historien til Statens senter for barne- og ungdomspsykiatri går tilbake til 1950 da Barnepsykiatrisk avdeling ved Rikshospitalets barneklinikk ble åpnet. Det var den første barnepsykiatriske avdelingen i Norge, og den mottok pasienter fra hele landet. Avdelingen fikk i 1955 et behandlingshjem knyttet til seg, Lille-Sogn behandingshjem, som var en gave fra Redd barna i Sverige.
Spesielt var det psykiatriske tilbudet til ungdom lite utbygget og det førte til at Stortinget på begynnelsen av 60-tallet besluttet å etablere et Statens senter for barne-og ungdomspsykiatri. Den første del av dette sentret, Ungdomspsykiatrisk klinikk, ble lagt på Sogn, i skogkanten ovenfor Gaustad sykehus. Denne klinikken ble åpnet i 1963. I 1968 ble Barnepsykiatrisk avdeling på Rikshospitalet flyttet til sentret på Sogn, og fikk navnet Barnepsykiatrisk klinikk ved Universitetet i Oslo. Statens senter for barne-og ungdomspsykiatri ( SSBU) var blitt en realitet. Universitetsnavnet fulgte med fra Rikshospitalet, fordi dosenturet i barnepsykiatri med ansvaret for undervisningen av medisinerstudentene var knyttet til denne avdelingen.

Fra 1.januar 1999 er institusjonen overført til Oslo kommune, og er lagt administrativt under Barne-og familieetaten som en egen seksjon med navnet Senter for barne-og ungdomspsykiatri (SBU