Kreftregisteret ble opprettet 17. oktober 1951, med bakgrunn i en innstilling fra den daværende Landsforeningen mot Kreft til Sosialdepartementet våren 1950. Sosialdepartementet ga, med hjemmel i Lov om legers rettigheter og plikter, pålegg til landets sykehus, patologiske institutter og røntgenavdelinger om at alle krefttilfeller skulle meldes til Kreftregisteret fra 1. januar 1952. Kreftregisteret holdt til i lokaler på Det Norske Radiumhospital, og var administrativt underlagt et styre med representanter fra Helsedirektoratet, Landsforeningen mot Kreft, Det Norske Radiumhospital og Statistisk sentralbyrå. Kreftregisteret ble hovedsaklig finansiert av Landsforeningen mot Kreft. I 1972 fikk institusjonen betegnelsen Institutt for epidemiologisk kreftforskning. Staten overtok totalansvaret i 1979. Kreftregisteret flyttet i 1991 til Majorstua.
Internett: www.kreftregisteret.no

I 2001 ble navnet endret til Kreftregisteret, Institutt for populasjonsbasert kreftforskning.

Fra 1. januar 2002 ble Kreftregisteret en del av RHF Helse Sør, som en del av Det norske radiumhospital HF, men organisert som selvstendig institutt med eget kapittel i statsbudsjettet. Igjen ble et eget styre opprettet. Fra 1. januar 2005 ble Kreftregisteret overført til det nye Rikshospitalet-Radiumhospitalet HF, senere Rikshospitalet HF, på samme premisser.

Kreftregisteret samarbeider med nivå II-etatene under SHD, med statlige og fylkeskommunale sykehus, forskningsmiljøer ved universitetene, Norges Forskningsråd, Den norske Kreftforening og en rekke andre helse- og forskningsinstitusjoner. I tillegg deltar Kreftregisteret i flere nordiske og internasjonale organisasjoner og andre fora.