Det sammenslåtte Troms og Finnmark fylkes splittes opp igjen og Tromsø kommune, hvor virksomheten er lokalisert, får nytt kommunenummer i et gjenopprettet Troms fylke; fra 5401 til 5501.

Troms og Finnmark fylker slås sammen og Tromsø kommune får nytt kommunenummer, 1902 erstattes av 5401.

Instituttet blir fra 1.1.1997 organisert som forvaltningsorgan med særskilte fullmakter og finansieringsstrukturen blir lagt om (jfr. St.prp.nr.63 1995-96 og St.prp.nr.1 1996-97 (Landbruksdepartementet) s. 14-15.

I forbindelse med omorganisering av høgare utdanning og sektorforskning på landbruksområdet (jfr. St.prp.nr 63 1995-96) blir høgskolene under Landbruksdepartementet; Norges Landbrukshøgsole og Norges Veterinærhøgskole, overført til Kirke- utdannings- og forskningsdepartementet. Videre blir de statlige forskningsinstitusjonene under Landbruksdepartementet;
- Norsk institutt for landbruksøkonomisk forskning,
- Norsk institutt for skogforskning,
- Norsk institutt for planteforskning og
- Statens veterinære laboratorier
organiserte som forvaltningsorgan med særskilte fullmakter med ny finansieringsstruktur.

St.prp.nr 63 1995-96 Om omorganisering av høgre utdanning og sektorforskning på landbruksområdet.
https://www.stortinget.no/no/Saker-og-publikasjoner/Stortingsforhandlinger/Lesevisning/?p=1995-96&paid=2&wid=c&psid=DIVL1066&pgid=c_0569&s=True