Omorganiseringen gjennomført i to trinn
Trinn 1 ble iverksatt 1. juni 2019 og Tolletaten gikk fra fem til fire avdelinger i Tolldirektoratet, og fra seks regioner til to landsdekkende fagdivisjoner for operativ virksomhet.

Trinn 2 iverksettes 1. oktober 2020 og innebærer større endringer i hele organisasjonen, blant annet endring av organisasjonsstruktur og innplassering av ledere og medarbeidere i ny organisasjon.

Nivå 2 under Tolldirektoratet organiseres i 6 divisjoner:
- Administrasjonsdivisjonen
- Etterretningsdivisjonen
- Grensedivisjonen
- IT-divisjonen
- Juridisk divisjon
- Vareførselsdivisjonen

Disse divisjonene har direktoratsfunksjoner: Administrasjonsdivisjonen, Etterretningsdivisjonen, IT-divisjonen og Juridisk divisjon

IT-divisjonen:
* Styringsstab
* Digitaliseringsavdelingen
* Infrastrukturavdelingen
-- driftsseksjonen
-- IT-serviceseksjonen
-- Plattformseksjonen
* Systemutviklingsavdelingen