• Universitetet i Trondheim
• Kunstakademiet i Trondheim
• Musikkonservatoriet i Trondheim

NTNU ble "opprettet" 1.1.1996, på bakgrunn av at Stortinget 28.3.1995 vedtok at Universitetet i Trondheim skulle omdannes til NTNU. I den nye organisasjonen inngår også Kunstakademiet og Musikkonservatoriet i Trondheim. Etter omorganiseringen består universitetet av 11 fakulteter, Vitenskapsmuseet, Universitetsbibliotektet og seks frittstående sentra. De tidligere betegnelsene Universitetet i Trondheim (UNIT), Norges tekniske høgskole (NTH) og Den allmennvitenskapelige høgskolen (AVH) gikk ut av bruk da NTNU ble opprettet.

• Renatesenteret - Nasjonalt senter for realfagsrekruttering

Renatesenteret - Nasjonalt senter for realfagsrekruttering etableres under NTNU.

Renatesenteret - Nasjonalt senter for realfagsrekruttering har som mål å styrke MNT (Matematikk, Naturfag og Teknologi) - fagenes stilling i samfunnet, og øke rekruttering av ungdom til realfaglige utdanninger og yrker. Senteret ble opprettet av Kunnskapsdepartementet i 1998 og fikk i 2007 fornyet og utvidet mandat. Nasjonalt senter for realfagsrekruttering er direkte underlagt Kunnskapsdepartementets Universitets- og høgskoleavdeling i alle faglige spørsmål. Senteret er organisert som egen enhet knyttet til NTNU, i henhold til § 1-4 i Lov om universiteter og høgskoler og er et ressurssenter for alle som jobber med rekruttering til realfag og teknologi, har 7 ansatte (pr. 2013) og er lokalisert i Trondheim.

• Saksnummer Stortinget sakid=(21539)

De statlige universitetene og høyskolene er, etter de seneste endringene i universitets- og høyskoleloven, i dag kategorisert som forvaltningsorganer med særskilte fullmakter, jf. Innst. S. nr. 337 (2000–2001).

Se: St.meld. nr. 27 (2000-2001) Gjør din plikt - Krev din rett. Kvalitetsreform av høyere utdanning, Innst. S. nr. 337 (2000-2001)

Nettobudsjettert fra budsjetterminen 2001 (forvaltningsorgan med særskilte fullmakter).

• Artsdatabanken

Artsdatabanken er opprettet som et resultat av at Regjering og Storting har ønsket et sterkere fokus på den kunnskapen som skal ligge til grunn for arbeidet med biologisk mangfold. Artsdatabanken er underlagt et styre oppnevnt av Kunnskapsdepartementet, og startet arbeidet i januar 2005.

Artsdatabanken holder til på Kalvskinnet i Trondheim, i tilknytning til NTNU.

• Saksnummer Stortinget sakid=(61824)

• Høgskolen i Sør-Trøndelag
• Høgskolen i Ålesund
• Høgskolen i Gjøvik

NTNU og høgskolene i Sør-Trøndelag, Gjøvik og Ålesund har med virkning fra 1.1.2016 fusjonert og er etter endringen Norges største universitet.

Struktur pr. januar 2016:
NORGES TEKNISK-NATURVITENSKAPELIGE UNIVERSITET NTNU
- 873 876 492 NTNU I GJØVIK
- 874 749 842 NTNU FAKULTET FOR SAMFUNNSVITENSKAP
- 874 818 542 NTNU HANDELSHØYSKOLEN I TRONDHEIM
- 881 553 082 NTNU FAKULTETET FOR ARKITEKTUR OG BILLEDKUNST
- 881 553 562 NTNU FAK FOR INFORMASJONSTEKNOLOGI, MATEMATIKK OG ELEKTROTEKNIKK
- 974 019 477 NTNU DET MEDISINSKE FAKULTET
- 974 747 375 NTNU I ÅLESUND
- 974 749 831 NTNU FAKULTET FOR NATURVITENSKAP OG TEKNOLOGI
- 974 749 858 NTNU VITENSKAPSMUSEET
- 974 749 866 NTNU SENTRALADMINISTRASJONEN
- 974 818 507 NTNU FAKULTET FOR TEKNOLOGI
- 974 818 493 NTNU FAKULTETET FOR HELSE- OG SOSIALVITENSKAP
- 974 818 523 NTNU FAKUTETET FOR LÆRER- OG TOLKEUTDANNING
- 979 610 076 NTNU UNIVERSITETSBIBLIOTEKET
- 981 553 276 NTNU FAKULTET FOR INGENIØRVITENSKAP OG TEKNIKK
- 981 554 140 NTNU DET HUMANISTISKE FAKULTET
- 981 554 434 NTNU BIBSYS

• Saksnummer Stortinget sakid=(69745)

• Artsdatabanken

Artsadabanken ble etablert i 2005 og var fra starten administrativt knyttet til NTNU, faglig uavhengig og hadde eget styre.
Fra 1. januar 2018 er Artsadabanken et selvstendig, bruttofinansiert forvaltningsorgan under Klima- og miljødepartementet.

• Saksnummer Stortinget sakid=(83126)

• Direktoratet for høyere utdanning og kompetanse

Tjenesten Universell, som er tilknyttet NTNU, vil fra 1.7.2021 bli en del av Direktoratet for høyere utdanning og kompetanse.