• Fiskeridirektoratet

Havforskningsinstituttet var fram til 1990 en del av Fiskeridirektoratet (Fiskeridirektoratets Havforskningsinstitutt); nå skilt ut til eget institutt.

Under instituttet finnes videre bl.a.: Statens biologiske stasjon, Flødevigen. Dette var tidligere Flødevigen Utklækningsanstalt som opprinnelig ble grunnlagt i 1882 av kaptein G. M. Dannevig og Arendal Fiskeriselskab. Flødevigen er den eldste biologiske stasjon på Skagerrakkysten og en av de eldste i landet. Opprinnelig var stasjonen en privat institusjon som hadde som formål å sette ut torskelarver for å øke bestandene av torsk på Sørlandskysten. Da stasjonen i 1950 fikk et 65 fots forskningsfartøy, kutteren "G.M. Dannevig" ble også hydrografi og økologi på Sørlandskysten og i Skagerrak satt på programmet. Navnet ble så endret i 1957 for at det skulle være i overensstemmelsel med virksomheten.

Austevoll havbruksstasjon - som i omfang best kan sammenlignes med et større universitetsinstitutt - ble etablert i 1978 i en av Norges mest markante fiskerikommuner, Austevoll, en times båttur sør for Bergen

Matre havbruksstasjon Både daværende fiskeridirektør Klaus Sunnanå og direktør Gunnar Sætersdal ved Havforskningsinstituttet stilte seg positive til tanken om at fiskeriadministrasjonen etablerte et eget forskningsanlegg, og bidro sterkt til at stasjonen i Matre kunne komme i gang. Den første rognen ble inkubert i Matre høsten 1971 i leide lokaler.
Det var likevel midler bevilget av Fiskerinæringens forsøksfond, senere kalt Fondet for Fiskeleiting og Forsøk (FFF), som i det hele tatt gjorde det mulig å starte reisingen av egne bygg i 1974. Fiskeridirektør Knut Vartdal, som overtok etter Sunnanå som formann i fondet, viste samme interesse for utviklingen innen akvakultur. Han gikk inn for FFFs engasjement og innviet stasjonens administrasjonsbygg den 18. februar 1976. Ved siden av stasjonen ble det opprettet et kommersielt settefiskanlegg, A/S Fiskekultur, der E. Osland hadde eierinteresser. Stasjonen ble de første årene drevet i nært samarbeid med A/S Fiskekultur. Dette samarbeidet ble regulert gjennom en samarbeidsavtale kalt "Fisk og Forsøk". Øverste organ for Fisk og Forsøk var et styre som hadde tre representanter for hver av samarbeidspartene Fiskeridirektoratet og A/S Fiskekultur. Siden 1981 har Matre havbruksstasjon og A/S Fiskekultur vært drevet som uavhengige bedrifter, men med en del felles installasjoner og prosjekter.

Havforskningsinstituttet er et forvaltningsorgan knyttet til Fiskeri- og kystdepartementet. Når inneværende funksjonsperiode går ut 31. desember 2010 avvikles instituttets styre. Fra 1. januar 2011 opprettes et faglig råd knyttet til instituttet. Departementet vurderer hvordan dialogen med næring, forvaltning og utdanningsinstitusjoner kan ivaretas i en ny modell.

Kilde: Prop. 1 S Fiskeri- og kystdepartementet (2010-2011) s. 53

• Nasjonalt institutt for ernærings- og sjømatforskning

1. januar 2018 ble Havforskningsinstituttet (HI) fusjonert med Nasjonalt institutt for ernærings- og sjømatforskning (NIFES).