Kimen til fylkeskartkontorene ligger i arbeidet med det økonomiske kartverket, der staten kom med i et samarbeid i 1962, hovedsakelig gjennom Jordskifteverket. Senere overtok staten hele ansvaret for det økonomiske kartverket, og som følge av dette ble det opprettet fylkeskartkontorer fra 01.01.1977. Disse kontorene ble knyttet til fylkesmennenes miljøvernavdelinger da disse ble opprettet fra 01.09.1982.

Kilde: Arkivportalen

Økonomisk kartlegging ble satt i gang etter en samlet plan i 1964, ble fylkeskartkontorene opprettet. I 1977 ble de overført til staten og direkte underlagt Miljøverndepartementet.

Fylkeskartkontorene blir organisert som egne kontorer innen Fylkesmannens Miljøvernavdelinger.

Fra 1986 blir for øvrig fylkeskartkontorene tilknyttet Statens kartverk når det gjaldt faglige spørsmål samt budssjett- og personalansvar.

Fylkesmannsembetene ble overført til Forbruker- og administrasjonsdepartementet (FAD) fra 1.1.1989.

Statsråd Einfrid Halvorsen uttalte til "Den nye staten" i januar 1989:
"- Hensikten med overføringen er å trappe opp den administrative utviklingen i den lokale statsforvaltningen, styrke samordningen av statlig virksomhet i fylkene og få til en bedre styring av departementenes utspill overfor fylkesmannsembetene".

Spørsmålet om kartkontorenes administrative tilknytning ble utredet i en egen arbeidsgruppe. I tråd med flertallet i denne gruppen kom regjeringen til at kartkontorene skulle få rene kommandolinjer til Kartverket, og at den parallelle tilknytningen til fylkesmannen burde opphøre samtidig med at Kartverket ble omdannet til forvaltningsbedrift.